En 1997 se iniciaron las negociaciones entre la Universidad Pública de Navarra (UPNA) y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) para la creación de un centro mixto de investigación.
El 2 de julio de 1999, tanto el Rector de la UPNA como el Presidente del CSIC firmaron un convenio de colaboración para la constitución de un centro de titularidad compartida al que inicialmente se le asignó el nombre de Instituto de Agrobiotecnología y Recursos Naturales (IARN).
Dado que la superficie de laboratorios existentes en el edificio era reducida para desarrollar los objetivos planteados, el Plan Tecnológico del Gobierno de Navarra (2000-2004) aportó financiación que fue destinada a la dotación de nuevos laboratorios e infraestructuras al edificio. Las obras de ampliación finalizaron en abril de 2003 y tanto el CSIC como la UPNA aportaron fondos adicionales para la construcción y equipamiento del Centro.
Inicialmente tanto la UPNA como el CSIC acordaron que el IARN debería estructurarse en dos departamentos:
En septiembre de 2004 el Comité Rector del IARN acordó:
La dirección del Instituto asume las siguientes nuevas tareas:
Desde el momento de su constitución nuestro instituto ha participado activamente:
Por otro lado, por nuestro instituto han desfilado investigadores tales como los doctores Andy Benson, Henri Daniell, Leszek Kleczkowski, Russell Jones, Mikio Nishimura, Néstor Carrillo, Naoyuki Taniguchi, etc...
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