El IdAB es un Instituto Mixto (el único dentro del área de Ciencias Agrarias del CSIC) de titularidad compartida entre el CSIC, la UPNA y el Gobierno de Navarra.
La estructura de gobierno del IdAB queda ilustrada en la figura adjunta. Desde el pasado mes de septiembre el centro cuenta con un Director nombrado por el Comité Rector. En noviembre de 2004 se constituyó oficialmente el primer Claustro Científico del Centro ( integrado por los investigadores de plantilla del IdAB ), el cual asume las tareas y funciones descritas en el “Reglamento de Régimen Interior” del convenio firmado por el CSIC, la UPNA y el GN para la creación del centro. En junio de 2005 se constituyó la Junta de Instituto.
El IdAB no dispone de Comités de Seguridad Laboral ni de Bioseguridad dado que estas funciones están repartidas entre las respectivas administraciones de la UPNA y del CSIC. En estos momentos, sin embargo, dos investigadores del IdAB pertenecen al Comité de Etica, Experimentación Animal y Bioseguridad de la UPNA. La gestión del Instituto recae en la figura de un gerente perteneciente a la plantilla del CSIC, contando además con un responsable administrativo de la Universidad encargado de las funciones de relación con la misma.
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